O núcleo habitacional que se transformaria na sede do Município de Bonito, iniciou-se em terras da Fazenda Rincão Bonito, que possuía uma área de 10 léguas e meia e foi adquirida do Sr. Euzébio pelo Capitão Luiz da Costa Leite Falcão, que aí se aportara em 1869, e é considerado o desbravador de Bonito, tendo sido também seu primeiro escrivão e tabelião. A Lei Estadual nº 693, de 11 de junho de 1915, cria inicialmente o Distrito de Paz de Bonito, com área desmembrada do Município de Miranda e a este subordinado administrativamente.
Foi fundada em 1927 e com a criação do território Federal de Ponta Porã, pelo Decreto-Lei nº 5.839, de 21 de setembro de 1943, é lhe anexado como Distrito de Paz de Miranda. Por força do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias da Constituição Federal, é reintegrado ao estado de Mato Grosso, na mesma situação de Distrito pertencente ao Município de Miranda. Finalmente a Lei Estadual nº 145, de 2 de outubro de 1948, eleva-o a categoria de Município, tendo por sede a cidade de Bonito, constituindo termo judiciário da Comarca de Aquidauana, com um único Distrito, o da sede municipal, situação mantida pelo Decreto nº 1.738, de 30 de dezembro de 1953, que fixou o quadro territorial administrativo-judiciário do Estado, para vigorar no quinquênio 1954-1958.
Em 1977 o município passa a fazer parte do atual estado de Mato Grosso do Sul.
Atualmente com o advento do turismo, que passou a ser explorado comecialmente a partir do início da década de 90, a cidade já possui uma estrutura que atende às principais demandas, tanto dos visitantes quanto dos moradores. Na área da saúde, possui hospital, postos de saúde, farmácias, além de clínicas e laboratórios privados. Na área dos serviços públicos possui, agência de correios, DETRAN, Agência Fazendaria, comarca com duas varas e promotoria. Na área da Segurnaça Pública, possui Delegacia de Polícia Civil, Quartel da Plícia Militar, Quartel da Polícia Militar Ambiental, Destacamento da Polícia Rodoviária Estadual e Guarda Municipal, e quartel do Corpo de Bombeiros em construção.
Possui um aeroporto, operado pela comapanhia aérea Azul, com vôos diários, saindo do aeroporto de Viracopos em Campinas, excessão apenas às terças e quinta feiras.
Previsto para início de dezembro/21,
Bancos do Brasil, BRADESCO, Caixa Econômica Federal e SICREDI. Não possui Banco 24h.
A infra estrutura turística é formadas por uma rede hoteleira de aproximadamente 100 hotéis e pousadas, sendo um resort. Vários restaurantes com uma gastroniomia elogiada por todos. Uma rede de agências de turismo local de aproximadamente 40 agências, bem como algo em torno de 40 atrativos turísticos.
Na área de transporte, além dos vôos, tem linha regular de ônibus para os principais municípios do estado, além de um serviço de vans que fazem o transporte desde o aeroporto de Campo Grande para Bonito, e vice cersa, bem como do hotel para os passeios. Além deste serviço, existe na cidade duas locadoras veículos, bem como os veículos particulares devidamente habilitados para este serviço, além dos taxis e moto taxis.